กองอาคารสถานที่ มหาวิทยาลัยพะเยา ได้จัดตั้งขึ้นตามประกาศมหาวิทยาลัยพะเยา เรื่อง การแบ่งหน่วยงานภายในส่วนงานบริหารของ มหาวิทยาลัยพะเยา พ.ศ. 2553 ตามมติที่ประชุมสภามหาวิทยาลัย ในคราวประชุม ครั้งที่ 5/2553 เมื่อวันที่ 19 กันยายน 2553 โดยให้มีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 1 ตุลาคม 2553 เป็นต้นไป และกองอาคารสถานที่ได้แบ่งส่วนการบริหารงานภายในออกเป็น 5 หน่วยงาน ประกอบด้วยงานธุรการ งานความปลอดภัย งานสาธารณูปโภคและบำรุงรักษา งานสวนและภูมิทัศน์ และงานสิ่งแวดล้อม โดยมีฐานะเป็นหน่วยงานระดับกองที่มีภารกิจสนับสนุนการดำเนินงานของมหาวิทยาลัยพะเยา ให้เป็นไปด้วยความเรียบร้อยบรรลุผลสัมฤทธิ์นโยบายและทิศทางการพัฒนามหาวิทยาลัยพะเยา กอปรกับที่ประชุมคณะกรรมการบริหารมหาวิทยาลัยพะเยา ครั้งที่ 62(13/2556) เมื่อวันที่ 6 กันยายน 2556 มติที่ประชุมได้อนุมัติเพิ่มจาก 4 หน่วยงานเป็น 5 หน่วย คือ งานสิ่งแวดล้อม เพื่อมีหน้าที่ในการดำเนินการ จัดการ ป้องกันและแก้ไขปัญหาด้านสิ่งแวดล้อม ทั้งนี้ได้ปรับงานรักษาความปลอดภัยเป็นงานความปลอดภัย